User Tools

Site Tools


en:data:grasslands

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
Next revision
Previous revision
en:data:grasslands [2015/03/06 18:16]
David Zelený [Script for direct import of data to R]
en:data:grasslands [2020/03/25 21:27]
David Zelený [Table]
Line 4: Line 4:
 ===== Description of dataset ===== ===== Description of dataset =====
 Vegetation samples of acidophilous grasslands (16-25m<sup>2</sup>) recorded in 2004-2007. Vegetation samples of acidophilous grasslands (16-25m<sup>2</sup>) recorded in 2004-2007.
 +
 +[{{:obrazky:grassland-photo.jpg?750|Photo of patch with acidophilous grassland (Valdíkov, Třebíč district, Czech Republic). Photo credit: D. Zelený.}}]
  
 ===== Locality ===== ===== Locality =====
-[{{  :obrazky:grassland-loc.jpg?300|Distribution of grassland islands in the study region.}}] +North of Třebíč city, Czech Republic. Grasslands typically occur on convex topography with shallow soils, and form "islands" (habitat patches) of acidophilous vegetation in otherwise intensively manages agricultural landscape.
-North of Třebíč city, Czech Republic. Grasslands typically occur on convex topography with shallow soils, and form "islands" of acidophilous vegetation in otherwise intensively manages agricultural landscape.+
  
 The file with coordinates, which can be opened in Google Earth: {{:data:grasslands.kml|grasslands.kml}} ((you need Google Earth installed on your computer to open this file)) The file with coordinates, which can be opened in Google Earth: {{:data:grasslands.kml|grasslands.kml}} ((you need Google Earth installed on your computer to open this file))
 +
 +<html><iframe src="https://www.google.com/maps/d/embed?mid=1-5SWlKbzI-NFpx8gaqHAJlr0S_Gho8kB" width="750" height="480"></iframe></html>
 ===== Environmental variables ===== ===== Environmental variables =====
-^Name of variable ^Description ^ +^ Name of variable  ^ Description                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
-|plot |Plot number (used to store the plot in Czech National Phytosociological Database) | +| plot              | Plot number (used to store the plot in Czech National Phytosociological Database)                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
-|area |Area of the plot [m<sup>2</sup] | +| area              | Area of the plot [m<sup>2</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
-|altitude |Altitude [m a.s.l.] | +| altitude          | Altitude [m a.s.l.]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
-|aspect |Aspect [°] | +| aspect            | Aspect [°]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
-|slope |Slope [°] | +| slope             | Slope [°]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              | 
-|coverE2 |Cover of shrub layer [%] | +| heatload          | Heat load calculated from slope and aspect following the equation 3 in Keon & McCune 2002 (calculated by [[en:customized_functions:heatload|heatload]] function)                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
-|coverE1 |Cover of herb layer [%] | +| coverE2           | Cover of shrub layer [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
-|cover_moss |Cover of moss layer [%] | +| coverE1           | Cover of herb layer [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
-|cover_lich |Cover of lichen layer [%] | +| cover_moss        | Cover of moss layer [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
-|cover_bare |Cover of bare soil [%] | +| cover_lich        | Cover of lichen layer [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
-|pH.H |soil pH, measured in water suspension +| cover_bare        | Cover of bare soil [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
-|soildepth |Soil depth, measured by iron rod [cm] | +| pH.H              | soil pH, measured in water solution                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
-|soildepth_sd |Variability of soil depth (calculated from five measurement by iron rod in one plot) [cm] | +| soildepth         | Soil depth, measured by iron rod [cm]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
-|classification |Classification into associations (for details see Zelený Li 2008) +| soildepth_sd      | Variability of soil depth (calculated from five measurement by iron rod in one plot) [cm]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
-|latitude |Latitude [°] | +| classification    | Classification of plots into vegetation associations. FVd - //[[http://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?lang=en&typ=TFE01|Festuco-Veronicetum dillenii]]//, JmFo - //[[http://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?lang=en&typ=TFD02|Jasiono montanae-Festucetum ovinae]]//, PhFr - //[[http://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?lang=en&typ=THG01|Potentillo heptaphyllae-Festucetum rupicolae]]//, PpSp - //[[http://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?lang=en&typ=TFD01|Polytricho piliferi-Scleranthetum perennis]]//, and VvAp - //[[http://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?lang=en&typ=THG03|Viscario vulgaris-Avenuletum pratensis]]//; unclass - not classified.  
-|longitude |Longitude [°] |+| latitude          | Latitude [°]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
 +| longitude         | Longitude [°]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          | 
 +| lat-sjtsk         | Latitude [m] (S-JTSK) - transformed from Latitude using dokrovi.exe software                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           | 
 +| long-sjtsk        | Longitude [m] (S-JTSK) - transformed from Latitude using dokrovi.exe software                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          | 
  
-[{{  :obrazky:grassland-photo.jpg?400|Photo of island with acidophilous grassland (Valdíkov, Třebíč district, Czech Republic). Photo credit: D. Zelený.}}] 
 ===== Data for download ===== ===== Data for download =====
-  *{{:data:grasslands-spe.txt|}} +|< 100% 150px 100px - >| 
-  *{{:data:grasslands-env.txt|}}+^ File name                                                                                                             ^ File type                 ^ Description                                                                                                   ^ 
 +{{https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/grasslands-spe-env.xls|grasslands-spe-env.xls}}  | Excel file                | Contains species × sample matrix, environmental variables, explanation of species abbreviations and metadata 
 +| {{https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/grasslands-spe.txt|grasslands-spe.txt}}          | tab-delimited txt format  | Sample × species matrix (48 samples in rows, 171 species in columns)                                          | 
 +{{https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/grasslands-env.txt|grasslands-env.txt}}          | tab-delimited txt format  | Environmental variable matrix (samples in rows, variables in columns)                                         |
  
 ===== Script for direct import of data to R ===== ===== Script for direct import of data to R =====
-These data are for training the import of raw data into R the script for direct import of data into R is hidden [[en:data:grasslands:import|here]] (available after the homework is finished)FIXME.+<code rsplus> 
 +grasslands.spe <- read.delim ('https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/grasslands-spe.txt', row.names = 1) 
 +grasslands.env <- read.delim ('https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/grasslands-env.txt'
 +  
 +</code>
 ===== References ===== ===== References =====
   *Zelený D. & Li Ch.-F. (2008): Vegetace suchých acidofilních trávníků v oblasti třebíčského žulosyenitového plutonu [Dry acidophilous grassland vegetation in the area of Třebíč's granosyenite pluton] - //Acta Rerum Naturalium//, 5: 177-194 [[http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/publ/Zeleny-Li2008_Acta-Rerum-Naturalium.pdf|pdf]]   *Zelený D. & Li Ch.-F. (2008): Vegetace suchých acidofilních trávníků v oblasti třebíčského žulosyenitového plutonu [Dry acidophilous grassland vegetation in the area of Třebíč's granosyenite pluton] - //Acta Rerum Naturalium//, 5: 177-194 [[http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/publ/Zeleny-Li2008_Acta-Rerum-Naturalium.pdf|pdf]]
en/data/grasslands.txt · Last modified: 2020/03/25 21:27 by David Zelený