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en:data:grasslands

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en:data:grasslands [2018/03/29 00:09]
David Zelený
en:data:grasslands [2020/03/25 21:26]
David Zelený [Environmental variables]
Line 5: Line 5:
 Vegetation samples of acidophilous grasslands (16-25m<sup>2</sup>) recorded in 2004-2007. Vegetation samples of acidophilous grasslands (16-25m<sup>2</sup>) recorded in 2004-2007.
  
-[{{  :obrazky:grassland-photo.jpg?750|Photo of island with acidophilous grassland (Valdíkov, Třebíč district, Czech Republic). Photo credit: D. Zelený.}}]+[{{:obrazky:grassland-photo.jpg?750|Photo of patch with acidophilous grassland (Valdíkov, Třebíč district, Czech Republic). Photo credit: D. Zelený.}}]
  
 ===== Locality ===== ===== Locality =====
-[{{  :obrazky:grassland-loc.jpg?450|Distribution of grassland islands in the study region.}}] 
 North of Třebíč city, Czech Republic. Grasslands typically occur on convex topography with shallow soils, and form "islands" (habitat patches) of acidophilous vegetation in otherwise intensively manages agricultural landscape. North of Třebíč city, Czech Republic. Grasslands typically occur on convex topography with shallow soils, and form "islands" (habitat patches) of acidophilous vegetation in otherwise intensively manages agricultural landscape.
  
Line 15: Line 14:
 <html><iframe src="https://www.google.com/maps/d/embed?mid=1-5SWlKbzI-NFpx8gaqHAJlr0S_Gho8kB" width="750" height="480"></iframe></html> <html><iframe src="https://www.google.com/maps/d/embed?mid=1-5SWlKbzI-NFpx8gaqHAJlr0S_Gho8kB" width="750" height="480"></iframe></html>
 ===== Environmental variables ===== ===== Environmental variables =====
-^Name of variable ^Description ^ +^ Name of variable  ^ Description                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
-|plot |Plot number (used to store the plot in Czech National Phytosociological Database) | +| plot              | Plot number (used to store the plot in Czech National Phytosociological Database)                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
-|area |Area of the plot [m<sup>2</sup>] | +| area              | Area of the plot [m<sup>2</sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
-|altitude |Altitude [m a.s.l.] | +| altitude          | Altitude [m a.s.l.]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
-|aspect |Aspect [°] | +| aspect            | Aspect [°]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
-|slope |Slope [°] | +| slope             | Slope [°]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              | 
-|coverE2 |Cover of shrub layer [%] | +| heatload          | Heat load calculated from slope and aspect following the equation 3 in Keon & McCune 2002 (calculated by [[en:customized_functions:heatload|heatload]] function)                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
-|coverE1 |Cover of herb layer [%] | +| coverE2           | Cover of shrub layer [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               
-|cover_moss |Cover of moss layer [%] | +| coverE1           | Cover of herb layer [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
-|cover_lich |Cover of lichen layer [%] | +| cover_moss        | Cover of moss layer [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
-|cover_bare |Cover of bare soil [%] | +| cover_lich        | Cover of lichen layer [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
-|pH.H |soil pH, measured in water solution | +| cover_bare        | Cover of bare soil [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
-|soildepth |Soil depth, measured by iron rod [cm] | +| pH.H              | soil pH, measured in water solution                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
-|soildepth_sd |Variability of soil depth (calculated from five measurement by iron rod in one plot) [cm] | +| soildepth         | Soil depth, measured by iron rod [cm]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
-|classification |Classification into associations (for details see Zelený Li 2008) +| soildepth_sd      | Variability of soil depth (calculated from five measurement by iron rod in one plot) [cm]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
-|latitude |Latitude [°] | +| classification    | Classification of plots into vegetation associations. FVd - //[[http://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?lang=en&typ=TFE01|Festuco-Veronicetum dillenii]]//, JmFo - //[[http://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?lang=en&typ=TFD02|Jasiono montanae-Festucetum ovinae]]//, PhFr - //[[http://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?lang=en&typ=THG01|Potentillo heptaphyllae-Festucetum rupicolae]]//, PpSp - //[[http://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?lang=en&typ=TFD01|Polytricho piliferi-Scleranthetum perennis]]//, and VvAp - //[[http://www.sci.muni.cz/botany/vegsci/vegetace.php?lang=en&typ=THG03|Viscario vulgaris-Avenuletum pratensis]]//; unclass - not classified.  
-|longitude |Longitude [°] |+| latitude          | Latitude [°]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
 +| longitude         | Longitude [°]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          |
  
  
 ===== Data for download ===== ===== Data for download =====
-  *{{:data:grasslands-spe.txt|}} +|< 100% 150px 100px - >| 
-  *{{:data:grasslands-env.txt|}}+^ File name                                                                                                             ^ File type                 ^ Description                                                                                                   ^ 
 +{{https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/grasslands-spe-env.xls|grasslands-spe-env.xls}}  | Excel file                | Contains species × sample matrix, environmental variables, explanation of species abbreviations and metadata 
 +| {{https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/grasslands-spe.txt|grasslands-spe.txt}}          | tab-delimited txt format  | Sample × species matrix (48 samples in rows, 171 species in columns)                                          | 
 +{{https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/grasslands-env.txt|grasslands-env.txt}}          | tab-delimited txt format  | Environmental variable matrix (samples in rows, variables in columns)                                         |
  
 ===== Script for direct import of data to R ===== ===== Script for direct import of data to R =====
-These data are for training the import of raw data into R the script for direct import of data into R is hidden [[en:data:grasslands:import|here]].+<code rsplus> 
 +grasslands.spe <- read.delim ('https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/grasslands-spe.txt', row.names = 1) 
 +grasslands.env <- read.delim ('https://raw.githubusercontent.com/zdealveindy/anadat-r/master/data/grasslands-env.txt'
 +  
 +</code>
 ===== References ===== ===== References =====
   *Zelený D. & Li Ch.-F. (2008): Vegetace suchých acidofilních trávníků v oblasti třebíčského žulosyenitového plutonu [Dry acidophilous grassland vegetation in the area of Třebíč's granosyenite pluton] - //Acta Rerum Naturalium//, 5: 177-194 [[http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/publ/Zeleny-Li2008_Acta-Rerum-Naturalium.pdf|pdf]]   *Zelený D. & Li Ch.-F. (2008): Vegetace suchých acidofilních trávníků v oblasti třebíčského žulosyenitového plutonu [Dry acidophilous grassland vegetation in the area of Třebíč's granosyenite pluton] - //Acta Rerum Naturalium//, 5: 177-194 [[http://www.sci.muni.cz/botany/zeleny/publ/Zeleny-Li2008_Acta-Rerum-Naturalium.pdf|pdf]]
en/data/grasslands.txt · Last modified: 2020/03/25 21:27 by David Zelený