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en:data:grasslands

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en:data:grasslands [2015/03/06 18:16]
David Zelený [Script for direct import of data to R]
en:data:grasslands [2020/03/25 21:27] (current)
David Zelený [Table]
Line 4: Line 4:
 ===== Description of dataset ===== ===== Description of dataset =====
 Vegetation samples of acidophilous grasslands (16-25m<​sup>​2</​sup>​) recorded in 2004-2007. Vegetation samples of acidophilous grasslands (16-25m<​sup>​2</​sup>​) recorded in 2004-2007.
 +
 +[{{:​obrazky:​grassland-photo.jpg?​750|Photo of patch with acidophilous grassland (Valdíkov, Třebíč district, Czech Republic). Photo credit: D. Zelený.}}]
  
 ===== Locality ===== ===== Locality =====
-[{{  :​obrazky:​grassland-loc.jpg?​300|Distribution of grassland islands in the study region.}}] +North of Třebíč city, Czech Republic. Grasslands typically occur on convex topography with shallow soils, and form "​islands" ​(habitat patches) ​of acidophilous vegetation in otherwise intensively manages agricultural landscape.
-North of Třebíč city, Czech Republic. Grasslands typically occur on convex topography with shallow soils, and form "​islands"​ of acidophilous vegetation in otherwise intensively manages agricultural landscape.+
  
 The file with coordinates,​ which can be opened in Google Earth: {{:​data:​grasslands.kml|grasslands.kml}} ((you need Google Earth installed on your computer to open this file)) The file with coordinates,​ which can be opened in Google Earth: {{:​data:​grasslands.kml|grasslands.kml}} ((you need Google Earth installed on your computer to open this file))
 +
 +<​html><​iframe src="​https://​www.google.com/​maps/​d/​embed?​mid=1-5SWlKbzI-NFpx8gaqHAJlr0S_Gho8kB"​ width="​750"​ height="​480"></​iframe></​html>​
 ===== Environmental variables ===== ===== Environmental variables =====
-^Name of variable ^Description ^ +^ Name of variable ​ ^ Description ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
-|plot |Plot number (used to store the plot in Czech National Phytosociological Database) | +| plot              | Plot number (used to store the plot in Czech National Phytosociological Database) ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
-|area |Area of the plot [m<​sup>​2</​sup] | +| area              | Area of the plot [m<​sup>​2</​sup>                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ​
-|altitude |Altitude [m a.s.l.] | +| altitude ​         | Altitude [m a.s.l.] ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
-|aspect |Aspect [°] | +| aspect ​           | Aspect [°]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ​
-|slope |Slope [°] | +| slope             ​| Slope [°]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              | 
-|coverE2 |Cover of shrub layer [%] | +| heatload ​         | Heat load calculated from slope and aspect following the equation 3 in Keon & McCune 2002 (calculated by [[en:​customized_functions:​heatload|heatload]] function) ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
-|coverE1 |Cover of herb layer [%] | +| coverE2 ​          ​| Cover of shrub layer [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ​
-|cover_moss |Cover of moss layer [%] | +| coverE1 ​          ​| Cover of herb layer [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
-|cover_lich |Cover of lichen layer [%] | +| cover_moss ​       | Cover of moss layer [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
-|cover_bare |Cover of bare soil [%] | +| cover_lich ​       | Cover of lichen layer [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
-|pH.H |soil pH, measured in water suspension ​+| cover_bare ​       | Cover of bare soil [%]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ​
-|soildepth |Soil depth, measured by iron rod [cm] | +| pH.H              | soil pH, measured in water solution ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ​
-|soildepth_sd |Variability of soil depth (calculated from five measurement by iron rod in one plot) [cm] | +| soildepth ​        ​| Soil depth, measured by iron rod [cm]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
-|classification |Classification into associations ​(for details see Zelený ​Li 2008) +| soildepth_sd ​     | Variability of soil depth (calculated from five measurement by iron rod in one plot) [cm]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
-|latitude |Latitude [°] | +| classification ​   | Classification ​of plots into vegetation ​associations. FVd - //​[[http://​www.sci.muni.cz/​botany/​vegsci/​vegetace.php?​lang=en&typ=TFE01|Festuco-Veronicetum dillenii]]//,​ JmFo - //​[[http://​www.sci.muni.cz/​botany/​vegsci/​vegetace.php?​lang=en&​typ=TFD02|Jasiono montanae-Festucetum ovinae]]//, PhFr - //​[[http://​www.sci.muni.cz/​botany/​vegsci/​vegetace.php?​lang=en&​typ=THG01|Potentillo heptaphyllae-Festucetum rupicolae]]//,​ PpSp - //​[[http://​www.sci.muni.cz/​botany/​vegsci/​vegetace.php?​lang=en&​typ=TFD01|Polytricho piliferi-Scleranthetum perennis]]//,​ and VvAp - //​[[http://​www.sci.muni.cz/​botany/​vegsci/​vegetace.php?​lang=en&​typ=THG03|Viscario vulgaris-Avenuletum pratensis]]//;​ unclass - not classified.  ​
-|longitude |Longitude [°] |+| latitude ​         | Latitude [°]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ​
 +| longitude ​        ​| Longitude [°]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          | 
 +| lat-sjtsk ​        | Latitude [m] (S-JTSK) - transformed from Latitude using dokrovi.exe software ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          | 
 +| long-sjtsk ​       | Longitude [m] (S-JTSK) - transformed from Latitude using dokrovi.exe software ​                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         | 
  
-[{{  :​obrazky:​grassland-photo.jpg?​400|Photo of island with acidophilous grassland (Valdíkov, Třebíč district, Czech Republic). Photo credit: D. Zelený.}}] 
 ===== Data for download ===== ===== Data for download =====
-  *{{:​data:​grasslands-spe.txt|}} +|< 100% 150px 100px - >| 
-  *{{:data:grasslands-env.txt|}}+^ File name                                                                                                             ^ File type                 ^ Description ​                                                                                                  ^ 
 +{{https://​raw.githubusercontent.com/​zdealveindy/​anadat-r/​master/​data/​grasslands-spe-env.xls|grasslands-spe-env.xls}} ​ | Excel file                | Contains species × sample matrix, environmental variables, explanation of species abbreviations and metadata ​ | 
 +| {{https://​raw.githubusercontent.com/​zdealveindy/​anadat-r/​master/​data/​grasslands-spe.txt|grasslands-spe.txt}}          | tab-delimited txt format ​ | Sample × species matrix (48 samples in rows, 171 species in columns) ​                                         | 
 +{{https://​raw.githubusercontent.com/​zdealveindy/​anadat-r/​master/​data/grasslands-env.txt|grasslands-env.txt}}          | tab-delimited txt format ​ | Environmental variable matrix (samples in rows, variables in columns) ​                                        |
  
 ===== Script for direct import of data to R ===== ===== Script for direct import of data to R =====
-These data are for training the import of raw data into R the script for direct import of data into R is hidden [[en:data:grasslands:​import|here]] (available after the homework is finished)FIXME.+<code rsplus>​ 
 +grasslands.spe <- read.delim ('​https://​raw.githubusercontent.com/​zdealveindy/​anadat-r/master/data/​grasslands-spe.txt',​ row.names = 1) 
 +grasslands.env <- read.delim ('​https://​raw.githubusercontent.com/​zdealveindy/​anadat-r/​master/​data/grasslands-env.txt'​) 
 +  
 +</​code>​
 ===== References ===== ===== References =====
   *Zelený D. & Li Ch.-F. (2008): Vegetace suchých acidofilních trávníků v oblasti třebíčského žulosyenitového plutonu [Dry acidophilous grassland vegetation in the area of Třebíč'​s granosyenite pluton] - //Acta Rerum Naturalium//,​ 5: 177-194 [[http://​www.sci.muni.cz/​botany/​zeleny/​publ/​Zeleny-Li2008_Acta-Rerum-Naturalium.pdf|pdf]]   *Zelený D. & Li Ch.-F. (2008): Vegetace suchých acidofilních trávníků v oblasti třebíčského žulosyenitového plutonu [Dry acidophilous grassland vegetation in the area of Třebíč'​s granosyenite pluton] - //Acta Rerum Naturalium//,​ 5: 177-194 [[http://​www.sci.muni.cz/​botany/​zeleny/​publ/​Zeleny-Li2008_Acta-Rerum-Naturalium.pdf|pdf]]
en/data/grasslands.1425636961.txt.gz · Last modified: 2017/10/11 20:36 (external edit)